Metodologia i metodyka badań przyrodniczych
Sylabus zajęć
Informacje podstawowe
Kierunek studiów
Specjalność
-
Jednostka organizacyjna
Wydział Biologii
Poziom studiów
Forma studiów
Profil studiów
Profil ogólnoakademicki
Cykl dydaktyczny
-3
Języki wykładowe
Polski
Obligatoryjność
Obowiązkowy
Blok zajęciowy
Przedmioty nieprzypisane
Prowadzący zajęcia
dr hab. Andrzej Pacak, apacak@amu.edu.pl
|
Okres
Semestr -1
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
|
Cele kształcenia dla zajęć
1. Zapoznanie się z zasadami bezpiecznej pracy w laboratorium.
2. Zapoznanie się z podstawowymi narzędziami stosowanymi w laboratorium.
3. Przekazanie wiedzy dotyczšcej genomu, proteomu i transkryptomu.
4. Rozwinięcie zdolnoci do prawidłowego planowania, przeprowadzania eksperymentów oraz analizy otrzymanych wyników. Prezentowany temat badawczy w roku akademickim 2012/2013 to choroby wywoływane przez ekspansje powtórzeń trójnukleotydowych - Triplet Repeat Expansion Diseases (TREDs).
5. Przekazanie wiedzy z zakresu zasad działania oraz sposobu wykorzystania nowoczesnych narzędzi takich jak: technika Real Time PCR, głębokie sekwencjonowanie, analiza mikromacierzowa.
6. Wyrobienie umiejętnoci do prawidłowego posługiwania się podstawowymi terminami statystycznymi: rednia, mediana, odchylenie standardowe.
7. Rozwinięcie umiejętnoci zwišzanych z przygotowaniem własnego projektu badawczego oraz dyskusji w grupie nad mocnymi i słabymi stronami danego projektu.
Wymagania wstępne
Znajomoć budowy: DNA, RNA oraz białek na poziomie szkoły redniej. Umiejętnoć posługiwania się w mowie i pimie językiem angielskim.Efekty uczenia się dla zajęć
| Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
| Efekt_01 | stosować w praktyce zasady bezpiecznej pracy w laboratorium | |
| Efekt_02 | dobrać odpowiednie narzędzia do pracy w laboratorium | |
| Efekt_03 | wyjanić zasady działania oraz sposoby wykorzystania technik: Real Time PCR, głębokie sekwencjonowanie, analiza mikromacierzowa | |
| Efekt_04 | prawidłowo definiować podstawowe terminy zwišzane z funkcjonowaniem organizmu na poziomie molekularnym, wybierać właciwe formuły statystyczne wykorzystywane w analizie, umie wyliczyć za pomocš kalkulatora wartoci odchylenia standardowego | |
| Efekt_05 | wyjanić mechanizmy prowadzšce do powstawania chorób wywołanych przez ekspansje powtórzeń trójnukleotydowych | |
| Efekt_06 | zaplanować, oraz dobrać odpowiednie narzędzia badawcze do przeprowadzenia wybranego eksperymentu w ramach prezentowanego tematu badawczego (TREDs) oraz wykonać analizę otrzymanych danych | |
| Efekt_07 | przedstawić na żywo" swój projekt badawczy | |
| Efekt_08 | przyswoić/rozwinšć sobie nowe kompetencje społeczne zwišzane z umiejętnociš dyskusji na temat prezentowanego projektu w większej grupie osób, radzić sobie ze stresem |
Treści programowe
| Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
| 1. |
Bezpieczeństwo i higiena pracy w laboratorium |
Efekt_01, Efekt_02 |
| 2. |
Planowanie eksperymentu i sporzšdzanie z niego notatek |
Efekt_02, Efekt_06 |
| 3. |
Podstawowe zagadnienia zwišzane z naukami przyrodniczymi na poziomie molekularnym: genomika, proteomika, transkryptomika |
Efekt_04 |
| 4. |
Nowoczesne techniki/metody wykorzystywane w naukach przyrodniczych: Real time PCR, głębokie sekwencjonowanie, analiza mikromacierzowa |
Efekt_03 |
| 5. |
Podstawowe pojęcia statystyczne: rednia, mediana, odchylenie standardowe |
Efekt_04 |
| 6. |
Przykład tematu badawczego: choroby genetyczne zwišzane z ekspansjš powtórzeń trójnukleotydowych (Triplet Repeat Expansion Diseases (TREDs)) |
Efekt_05, Efekt_06 |
| 7. |
Przygotowanie własnych projektów badawczych w oparciu o zaproponowane tematy |
Efekt_07 |
| 8. |
Prezentacja projektów i ich ocena |
Efekt_08 |
Informacje dodatkowe
| Metody i formy prowadzenia zajęć |
|---|
| Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EK_1 | EK_2 | EK_3 | EK_4 | EK_5 | EK_6 | EK_7 | EK_8 | ||
| Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
|---|---|
| bardzo dobry (bdb; 5,0): | |
| dobry plus (+db; 4,5): | |
| dobry (db; 4,0): | |
| dostateczny plus (+dst; 3,5): | |
| dostateczny (dst; 3,0): | |
| niedostateczny (ndst; 2,0): | |
Literatura
Wydawnictwa książkowe
- 1. Jeremy M. Berg, Lubert Stryer, John L. Tymoczko: Biochemia, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
2. Leokadia Kłyszejko-Stefanowicz: Ćwiczenia z biochemii, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
3. Colin Ratledge, Bjorn Kristiansen : Podstawy biotechnologii, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2011
4. Alojzy Zgirski, Roman Gondko: Obliczenia biochemiczne, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2010
Artykuły w czasopismach
- 1. Wlodzimierz J. Krzyzosiak, Krzysztof Sobczak, Marzena Wojciechowska, Agnieszka Fiszer, Agnieszka Mykowska, Piotr Kozlowski (2012): Triplet repeat RNA structure and its role as pathogenic agent and therapeutic target, Nucleic Acids Research, 40/1
2. Thurman M. Wheeler, Krzysztof Sobczak, John D. Lueck, Robert J. Osborne, Xiaoyan Lin, Robert T. Dirksen, Charles A. Thornton (2009): Reversal of RNA dominance by displacement of protein sequestered on triplet repeat RNA, Science, 325
Nakład pracy studenta i punkty ECTS
| Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
|---|---|---|
| Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | ||
| Praca własna studenta: | ||
| Przygotowanie do zajęć | ||
| Czytanie wskazanej literatury | ||
| Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | ||
| Przygotowanie projektu | ||
| Przygotowanie pracy semestralnej | ||
| Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | ||
| SUMA GODZIN | ||
| LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU | ||
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut